總局為了推動企業所得稅納稅人享受研發費用加計扣除政策可以說是煞費苦心，2017年發布的《國家稅務總局關于研發費用稅前加計扣除歸集范圍有關問題的公告》（國家稅務總局公告2017年第40號）可以說就體現了總局這樣的良苦態度。

    40號公告的第七條“其他事項”第（一）項規定：企業取得的政府補助，會計處理時采用直接沖減研發費用方法且稅務處理時未將其確認為應稅收入的，應按沖減后的余額計算加計扣除金額。這里充分尊重了會計上的凈額法跟稅法意義上的總額法存在著正常的會計稅法差異，可以進行正常的納稅調整。納稅人可以根據自身的合理選擇，可以選擇進行納稅調整，也可以放棄進行納稅調整，但是絕不是不允許進行納稅調整。
    有部分業內人士不允許進行納稅調整，他們認為，如果需要享受研發費用加計扣除的稅收優惠，必須現在會計處理層面將賬務處理結果調整為總額法的處理結果，然后再根據會計上總額法的處理結果去申請加計扣除。他們給出的理由是：國家稅務總局2012年15號公告第八條已經規定，關于稅前扣除規定與企業實際會計處理之間的協調問題。根據《企業所得稅法》第二十一條規定，對企業依據財務會計制度規定，并實際在財務會計處理上已確認的支出，凡沒有超過《企業所得稅法》和有關稅收法規規定的稅前扣除范圍和標準的，可按企業實際會計處理確認的支出，在企業所得稅前扣除，計算其應納稅所得額。他們認為，如果你會計處理上選擇凈額法，沒有調整為會計上的總額法，就只能按照會計上凈額法處理的結果進行稅前扣除和加計扣除。姑且不說15號公告的本意到底是什么，目前即使是針對40號公告本身，這樣的理解也是錯誤的和機械的。

    總局辦公廳給出的40號公告的官方解讀稿旗幟鮮明地指出：近期，財政部修訂了《企業會計準則第16號——政府補助》。與原準則相比，修訂后的準則在總額法的基礎上，新增了凈額法，將政府補助作為相關成本費用扣減。按照企業所得稅法的規定，企業取得的政府補助應確認為收入，計入收入總額。凈額法產生了稅會差異。企業在稅收上將政府補助確認為應稅收入，同時增加研發費用，加計扣除應以稅前扣除的研發費用為基數。但企業未進行相應調整的，稅前扣除的研發費用與會計的扣除金額相同，應以會計上沖減后的余額計算加計扣除金額。比如，某企業當年發生研發支出400萬元，取得政府補助100萬元，當年會計上的研發費用為300萬元（凈額法），未進行相應的納稅調整，則稅前加計扣除金額為300×50%=150萬元，相當于你自己放棄調整的機會，也就放棄了一部分稅收優惠待遇。繼續沿用這個例子，如果企業進行納稅調整，允許其調增政府補助收入100萬元（賬載0，稅收100萬元），調增研發費用100萬元（賬載300萬元，稅收400萬元，實際稅收后果為調減應納稅所得額），稅前加計扣除金額為400×50%=200萬元。所以，我們應該大膽地進行納稅調整，總局已經給我們撐腰了！